La historia comienza en 1999: una nave extraterrestre gigante se estrella en la isla Atalia del Sur. La humanidad intenta reconstruir esta maravilla, pero los conflictos políticos centrados en Macross, junto con las propuestas de un gobierno mundial, resultan en una guerra global. Después de 10 años, las "Guerras de Unificación" finalmente terminan, el nuevo gobierno de las Naciones Unidas está en el poder, con la ONU Spacy como su brazo militar. Estamos en el año 2009: el trabajo en la Macross ya está completo. El día de la ceremonia de lanzamiento, su cañón principal se dispara por sí solo y destruye una nave espacial alienígena en órbita. Esta acción automática marca el comienzo de la guerra entre los humanos y los Zentraedi, una raza de guerreros humanoides de tamaño gigantesco.