Boss, accompagnato da Shiro, Nuke e Mucha cadono in una trappola della Marchesa Yanus che li attira sulla sua isola e li fa prigionieri, offrendoli a Kabuto in cambio di Mazinga. Tetsuya si reca sull'isola, ma subisce gli attacchi di un mostro guerriero senza poter reagire a causa degli amici in ostaggio. I ragazzi si liberano e fuggono dalle caverne dei Cattloo, lasciando via libera al Grande Mazinga che però viene attirato sul fondo di una profonda fossa marina. Nel frattempo l'Isola Vulcanica della Marchesa Yanus attacca la Fortezza delle Scienze, che cerca di difendersi al meglio delle sue possibilità. Nell'abisso marino intanto, Tetsuya combatte fra la vita o la morte, ma alla fine riesce ad avere ragione del suo avversario e risale verso la superficie dove, con l'aiuto di Venus, riesce a tornare in tempo per difendere la base e scacciare il nemico.