Yolei è in gita con la sua classe a Kyoto ed affida Poromon a Izzy, che nel frattempo cerca di colmare i vuoti di memoria di Ken e di trovare una spiegazione alla sua trasformazione nell'Imperatore. Intanto, BlackWarGreymon continua a distruggere le Pietre Sacre, creando dei disturbi temporali che portano lui e altri Digimon nel mondo reale, proprio a Kyoto, dove creano il caos. Tuttavia, Yolei riuscirà a tenerli a bada con Shurimon (arrivato a Kyoto grazie a Ken e Stingmon), aiutata dal padre di Sora e dal fratello di Joe, incontrati durante la gita.