Dieci anni dopo aver contribuito alla caduta dello Shogunato come spietato assassino, Kenshin Himura vaga per il Giappone dell'era Meiji come pacifico rurouni. Impugnando una spada a lama invertita per non uccidere mai più, lo spadaccino giunge a Tokyo e trova accoglienza presso il dojo della giovane Kaoru Kamiya. Insieme a nuovi alleati, Kenshin affronterà pericolosi nemici legati al suo sanguinoso passato.