นินจายังมีอยู่ในสังคมญี่ปุ่นในปัจจุบัน จำนวนประมาณ 200,000 คน หนึ่งในนั้นคือองค์กรนินจาที่เรียกว่า "NIN (National Intelligence of NINJA) " กลุ่มนินจาชั้นยอดกลุ่มนี้ไม่ได้ถูกควบคุมโดยรัฐ มักจะรับผิดชอบในการปฏิบัติภารกิจลอบสังหารและปฏิบัติการทำลายล้างอย่างลับ ๆ นอกจากนี้ยังมีองค์กรนินจาที่เป็นศัตรูกับ "NIN" อีกด้วย ชื่อของเขาคือ "UN (Under Ninja) " นินจา vs นินจา ผลลัพธ์สุดท้ายของสงครามเย็นจะเป็นอย่างไร และชะตากรรมของคุโมะกาคุรุ คุโระ และเกะนินคนอื่น ๆ ที่เข้าร่วมสงครามจะพัฒนาไปอย่างไร