Clark Kent släpper sin kusin Kara Zor-El fri från hennes skepp där hon är fångad och de slår sig ihop för att stoppa Zor-El, Karas far. Clark återförenas med Lana Lang som tar ut skilsmässa från Lex Luthor. Lana börjar arbeta med ett team som hjälper människor som har superkrafter eller personer som har blivit kryptonitinfekterade, men använder gruppen för att spionera på Lex. Lana blir tillfångatagen av Brainiac, men blir släppt och lämnar då Smallville. Lex får kännedom om gruppen Veritas; gruppen har en profetia om att en person från yttre rymden skall komma till jorden och antingen rädda eller förinta jorden. Denna person kallas "Resenären". Lex får reda på att hans far var med i gruppen som jobbar med Veritas, och detta driver Lex till vansinne. Lex mördar Lionel genom att knuffa ut honom från hans kontor i LuthorCorps huvudbyggnad i Metropolis. Chloe lär sig att använda superkrafter som gör att hon kan hela andra, men förlorar sedan sina krafter. Han tas in på Belle Reve på order av Lex Luthor och sedan åker han till Arktis då han har hittat Ensamhetens fort och fått reda på att det är Clark som är Resenären. För att försvaga Clark låser Brainiac in Kara i Spökzonen. Clark besegrar Brainiac och tar sig till fortet där han hittar Lex. Lex har fått tag på en kryptonsk artefakt som kallas "The Orb" med vilken han kan kontrollera Resenären. Lex sätter Orben på fortets kristallpanel varpå fortet rasar samman, med både Clark och Lex kvar inuti.