Tatsumiyajima is het centrale eiland in het midden van een kleine cluster van eilanden, in een slaperig binnenwater van de Japanse eilanden. Er gebeurt daar niet veel en de jongeren van het eiland gaan naar school in de wetenschap dat hun leven waarschijnlijk vredig en ongestoord zal blijven. Of zo is hen geleerd... Maar de waarheid is anders. Het lot van de mensheid staat op het spel en Tatsumiyajima is de laatste verdedigingslinie tegen een vijandige en onbegrijpelijke vijand. In het middelpunt van dit alles, vechtend voor het voortbestaan van de mensheid, staat de gigantische robot Fafner, de draak die deze laatste schat van de mensheid bewaakt.