Na een chaotische overval worden Lupin en Jigen verzorgers van een jongetje, terwijl een jonge luchtpiraat genaamd Yutika uit is op hun buit. Yutika is een inwoner van de stadstaat Shahalta, die onlangs in handen is gevallen van een louche minister. Al snel bundelen de bende van Lupin en Yutika hun krachten om een van Shahalta's grootste schatten te ontdekken, waarbij ze het opnemen tegen zowel de autoriteiten van Shahalta als Zenigata.