밤을 잊은 환락의 거리 신주쿠, 번영하는 문명 속에 인류는 같은 공간을 공유하며 살아가는 또 다른 존재, 요괴를 잊어버렸다. 오랜 과거부터 서로 얽혀 있는 이 두 세계의 질서는 유리네와 카라스에 의해 지켜지고 있었지만, 최근에 들어서는 그 밸런스가 흐트러지고 있다. 자신을 버린 채 인류와 요괴 세계의 균형 유지를 위해 모든 것을 바쳐야만 하는 운명이던 카라스가 스스로의 자아에 눈을 떠 인간에 대한 복수를 개시했기 때문이다. 계속되는 기묘한 연쇄 살인사건, 이는 모두 카라스의 이름을 버린 그에게서 새로운 육체를 부여 받은 기계화 요괴에 의한 것이었다. 그런 가운데 신주쿠역에 두 남자가 내려선다. 한 사람은 엽기 살인 사건의 해결을 위해 본청에서 파견된 엘리트 경찰 쿠레. 그리고 다른 한 명은 이런 폭주를 막기 위해 되돌아온 요괴 누에. 인간 사회의 상식에 사로 잡힌 나머지 사건 해결의 실마리조차 찾아낼 수 없는 쿠레와는 대조적으로, 누에는 기계화 요괴 중 하나인 캇파를 궁지로 모는 데에 성공한다. 그 때 또 하나의 유리네와 카라스가 나타난다. 그들이야말로 신주쿠를 지키는 새로운 존재들이었는데...