La stagione riprende più di sette anni dopo la lunga guerra: l'umanità è finalmente libera. O così sembra. Maeve e Caleb iniziano a sospettare che Hale e una versione ospite dell'Uomo in Nero stiano cercando di riprendere il controllo della razza umana. Nel frattempo, Bernard torna da The Sublime. Una giovane scrittrice, Christina, inizia a mettere in discussione la natura della sua realtà.