Dopo essere stato alla villa di Lupin I, Shinobu inizia a tenere sotto stretta sorveglianza Lupin che vuole uscire a divertirsi. Non potendo uscire di casa in tranquillità, Lupin si fa venire un'idea geniale: costruire una basa segreta nell'istituto con l'aiuto di Jigen. Tuttavia, le idee geniali di Lupin sono troppo assurde e la costruzione del covo va incontro a difficoltà sempre più grandi.