Suite à l'incident causé par les agents de CRASH, les agents de SMASH sont transportés vers la planète d'origine de Skaar, Sakaar, où ils doivent empêcher Leader de contrôler toute la planète et les agents de SMASH eux-mêmes. Les agents de SMASH se font des alliés sur Sakaar en cours de combat tout en combattant dans l’arène de Sakaar.