Baxter Stockman et son ordinateur extraterrestre reviennent sur Terre des limbes dimensionnels et prennent possession du canon à rayons rétro-mutagène de Shredder. Après avoir volé les essences de divers insectes et arachnides, il les utilise pour transformer les gens en insectes et arachnides mutants. Les Tortues doivent combattre les créatures et ramener les gens à la normale.