La saga gira alrededor de la Academia Hanzō, una institución de educación secundaria en la que se entrena secretamente a un selecto grupo de chicas en el arte del ninjitsu. Las tramas principales se centran en cinco aprendices de ninja: Asuka, Ikaruga, Katsuragi, Yagyuu y Hibari, y cómo completan misiones y luchan contra ninjas rivales.