En el instituto de investigación de energía fotoatómica, el Jet Scrander se está construyendo con la aleación de Japanium, lo que permitirá volar a Mazinger Z. Sin embargo, Doctor Hell construye el monstruo mecánico volador Genocider F9 y lo arroja al puerto para destruir las naves. Koji no puede resistirse y comienza con Mazinger Z para luchar contra él. Koji, sin embargo, cae en una trampa, y mientras está en el puerto, Genocider vuela al instituto para destruirlo. Un espía enviado por el barón Ashura desactiva la barrera para destruir el laboratorio y Sayaka y Shiro lo descubren demasiado tarde. Los profesores no tienen tiempo para probar el Jet Scrander y lanzarlo al cielo. Mazinger Z regresa a tiempo para alcanzar sus nuevas alas: ahora puede volar. Koji aún no está familiarizado con los nuevos comandos, pero logra mantener su distancia del monstruo mecánico y destruirlo. Ahora que Mazinger Z puede volar en el cielo, nada ni nadie puede vencerlo.