Durch eine geheime Sekte innerhalb des Vatikans wird eine antike Karte enthüllt. Diese gibt Details über die Standorte der vier Grundsteine der Bibliothek von Alexandria preis, der ursprünglichen Bibliothek. Flynn (Noah Wyle) und die Bibliothekare müssen die Sekte mit der Hilfe eines unerwarteten Verbündeten aufhalten, bevor die Steine benutzt werden können, um die Bibliothek zu vernichten.