Druhé pokračování trilogie Matrix nás opět zavede do temného světa budoucnosti ovládaného stroji. Lidstvo stále trpí v otroctví virtuální reality, z kterého ho může osvobodit jen Vyvolený. Nea s Morpheem a Trinity čeká boj s armádou strojů a jejich arzenálem počítačově nelidských schopností a zbraní. Pokud ale chtějí zastavit zotročování lidstva, není jiná možnost než boj na život a na smrt. Nezbývá jim nic jiného než proniknout hluboko do struktur Matrixu a během 72 hodin objevit a zlikvidovat centrum Zion i s jeho pomocnými jednotkami. Neo ve svých temných nočních můrách vidí, že Trinitiným osudem je smrt. Dokáže se znovu vzepřít osudu a svou mocí zastavit nekonečné útoky strojů?