Във втория сезон, бившият федерален агент Пол (Тамох Пеникет) продължава да търси липсващата Каролин и да се опитва да разреши мистерията на „къщата за кукли”. В един от епизодите Еко се жени за търговец на оръжие, за да го залови. На Виктор са внушени спомените на убиец, за да намери евентуални оцелели, но поради грешка Еко се превръща в лудия убиец. Сенатор Перин получава информация, която затвърждава неговата решителност да изобличи корпорацията „Росъм”. В друг - Перин и Еко избягват от „къщата за кукли” на Росъм, но сенаторът е ударен от недоволен човек и това добавя смъртоносна вендета към мислите му.