Năm 2118, 99,9% nhân loại bị xóa sổ bởi lực lượng ngoài hành tinh xâm lăng mang tên Draktor. Ký ức của những người sống sót bị xóa trước khi họ tiếp tục cuộc sống trong các hầm trú ẩn kiên cố. Nhân loại phát động cuộc phản công giành lại hành tinh bằng những robot khổng lồ gọi là Rogue hạng Megaton. Yamato Ichidaiji được gọi đi lái một trong những Rogue đó, đúng lúc ký ức về cuộc xâm lăng trở lại và những câu hỏi nguy hiểm nảy sinh.