Durante as suas viagens, Ginko encontra várias pessoas dotadas — umas marcadas pelas circunstâncias, outras que mantêm uma frágil relação de simbiose com os Mushi — sendo inevitavelmente confrontado com a questão de saber se a humanidade, tanto os talentosos como os atormentados, é capaz de lidar com a responsabilidade do invisível. Além disso, enquanto Mushishi, Ginko precisa de aprofundar o seu conhecimento sobre estes seres misteriosos e decidir se tem o direito de interferir nas complexas relações entre os Mushi e a humanidade.