In der zweiten Staffel sieht sich die Klasse D rund um den im Hintergrund agierenden Kiyotaka Ayanokouji und seine Mitschülerin Suzune Horikita noch härteren Spezialprüfungen wie dem gnadenlosen Kreuzfahrtschiff-Test ausgesetzt. Während die gegnerischen Klassen mit ausgeklügelten Taktiken und Erpressungsversuchen angreifen, zieht Kiyotaka weiterhin unbemerkt die Fäden, um das Überleben seiner Klasse zu sichern.